六月十六日，李渊就已经给了心腹裴寂一道手诏，内容是：“朕当加尊号为太上皇。”
李渊通过这个方式向太子李世民主动表露了退位的意思。这个意思当然是李世民最希望看到的，但是他还是象征性地拒绝。
李世民不断宣传他的宽大政策，又召回了因杨文幹谋反事件被流放的杜淹、王珪和韦挺。面对新太子表现出的这种宽大为怀、既往不咎的政治和解姿态，原来的政敌们悬着的一颗心终于放了下来。
然而，长安的政局虽然是稳定了，但是由政变引发的派系斗争还是不可避免地在各个地方相继爆发，其中以益州和幽州发生的两起血案最为引人注目。
当时的益州还是行台编制，尚书令是李世民兼任的，左仆射是窦轨。由于李世民的尚书令一职只是挂名，所以窦轨就被委以“便宜从事”之权，成了益州实质上的一把手。当时益州行台的兵部尚书韦云起与弟弟庆俭、堂弟庆嗣及整个宗族都与前太子李建成私交甚笃，可韦云起却和他的顶头上司窦轨素来不睦，所以当玄武门事变与李建成之死的消息传到益州时，窦轨就动了杀心。
尽管朝廷下达了“大赦”诏书，可窦轨还是无视朝廷的赦令，决定趁此机会除掉韦云起。他在府上埋伏了卫兵，然后以朝廷下诏追拿李建成党羽为由，将韦云起召到了仆射府。韦云起一到，问朝廷的诏书在哪里，窦轨把诏书藏在袖中，厉声说：“公，李建成党也，今不奉诏，同反明矣！”还没等韦云起开口申辩，窦轨一声令下，左右卫兵随即冲出，当场将韦云起砍杀。另一个也跟窦轨有仇的行台尚书郭行方闻讯，抱着脑袋没命地逃往长安。窦轨发兵追捕，没有追上；郭行方总算躲过一劫。
紧继益州的韦云起事件之后，幽州又爆发了一起性质更为严重的案件。就是庐江王李瑗谋反案。
庐江王李瑗是李渊的族侄，时任幽州大都督。由于李渊一贯不放心外姓将领，只敢把兵权交给宗室亲王，所以尽管明知道李瑗为人懦弱，“非边将才”，可还是把他放在了幽州这个重要的位置上。当然，李渊同时还给李瑗配备了一个副手，就是猛将王君廓。
李瑗是李建成的死党，早在几年前，李建成就暗中把李瑗结为外援，就像李世民以洛阳的温大雅和张亮为外援一样。政变之后，李世民派出通事舍人崔敦礼前往幽州召李瑗回朝，但是李媛以为李世民是要拿他回去问罪的，当即吓得面无人色，惶惶不可终日。这一切都被王君廓看在了眼里，一个踩着李瑗往上爬的计划迅速在他脑中成形。
王君廓跟李瑗说了一番体己话。他说：“京都有变，事未可知。大王一旦入朝，必定凶多吉少。如今您拥兵数万，岂能受制于区区一个使臣，甘愿自投罗网？”
王君廓说完，两行激动的热泪立刻夺眶而出，一副士为知己者死的悲壮表情。李瑗万分感动，与王君廓相对而泣。许久，李瑗昂起头颅，斩钉截铁地说：“我今以命托公，举事决矣！”
王君廓的嘴角掠过一丝无人察觉的狞笑。
当天李瑗就派兵逮捕了朝廷使臣崔敦礼，逼迫他交代京师的情况，可崔敦礼宁死不屈。李瑗只好把他囚禁，随即向下辖的各州县发布了征兵令和集结令，同时命燕州刺史王诜火速前来蓟城（今北京），共商举兵大计。
李瑗麾下的兵曹参军王利涉知道王君廓这个人靠不住，于是力劝李瑗说：“王君廓此人反复无常，切不可委以机柄，应该趁早除掉，让王诜取而代之。”
李瑗一听，顿时满腹狐疑，不知道到底该不该把身家性命托付给王君廓。
王诜到达蓟城后，李瑗仍然犹豫不决。而王君廓早就在李瑗身边安插了眼线，所以很快得知了王利涉与李瑗的谈话内容。他当即决定采取行动，立刻前去拜会王诜。此时王诜正在沐浴，一听二当家的大驾光临，连身上的水都来不及擦，赶紧套上衣服，握着湿漉漉的头发出来拜见。王君廓一见王诜出来，还没等他开口说话，猛然拔刀出鞘，一刀就砍下了王诜的脑袋。
随后，王君廓提着王诜的首级，进入军营对众将士说：“李瑗和王诜一同密谋造反，囚禁朝廷敕使，擅自征调军队。如今王诜已被我诛杀，只剩下一个李瑗，成不了什么事。你们是宁可跟着他一块被灭族，还是追随我一起建功立业、自取富贵？”
毫无疑问，这帮原本就和王君廓一条心的将士绝对不可能站在李瑗一边。他们异口同声地喊道：“愿从公讨贼！”王君廓立即率领麾下将士一千余人冲出军营，翻越西城而入，首先冲进监狱释放了敕使崔敦礼，然后杀向都督府。
等到李瑗得知兵变的消息，一切都已经来不及了。他慌慌张张地带着左右数百名亲兵披甲而出，恰好在府门口与王君廓的军队遭遇。王君廓向李瑗的亲兵们喊话：“李瑗阴谋叛逆，你们何苦跟着他往火坑里跳！”李瑗的左右面面相觑，随即抛下武器，哗然四散。
转瞬间，偌大的都督府门前只剩下一个孤零零的幽州大都督、庐江王李瑗。陪伴他的只有满腔的后悔、愤怒和恐惧以及那扔了一地的刀枪和长矛。李瑗怒不可遏地指着王君廓破口大骂：“卑鄙小人出卖我，你很快就会遭报应！”
面对横眉怒目、气急败坏的庐江王李瑗，王君廓一直在冷笑，一言不发。但李瑗却仿佛听见他在说——不是我王君廓太过阴险和卑鄙，而是你庐江王李瑗太过无能和无知。
兵变当天，李瑗被王君廓生擒，随即缢杀，首级迅速传送长安。
六月二十六日，朝廷的一纸诏书飞抵幽州：以王君廓为左领军将军兼幽州都督，并把李瑗的家人眷属全部赏赐给王君廓，充当奴仆和婢女。
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