城内袁绍等众公卿不见了皇帝焦虑极了，于是外出寻找。而宫外显阳苑驻扎的董卓远远看到宫中火起，人声鼎沸，知道发生变故。此时董卓哪甘落后，于是便统军急速前进，正好与众位大臣相遇在北芒山（今北邙山）下。
宦官死亡殆尽后，闵贡扶着少帝与陈留王刘协，在夜里追着萤火虫的微光徒步向南走，想回到宫中。走了几里地，得到百姓家一辆板车，大家一齐上车，到达洛舍歇息。次日，找到马匹，少帝独自骑一匹，陈留王刘协和闵贡合骑一匹，从洛舍向南走，正遇众公卿赶来和董卓军到。连日奔波，夜不能寐，神经紧绷的少帝见董卓突然率大军前来，再也承受不住，吓得哭泣。大臣们对董卓说：“皇帝下诏，要军队后撤。”董卓不以文臣为然，说：“你们这些人身为国家大臣，不能辅佐王室，致使皇帝在外流亡，为什么要军队后撤！”董卓上前参见少帝，少帝说起话来语无伦次。于是董卓又与陈留王刘协交谈问起事变经过，刘协一一回答，从始至终，毫无遗漏。董卓十分高兴，觉得刘协贤能，而且又是由董太后养大的，他认为自己与董太后同族，于是心里有了废黜少帝，改立刘协为皇帝的念头。
董卓进京后迅速挟持了少帝、太后，掌控了朝廷中枢，眼看满朝文武无人敢于反抗，董卓行事越发跋扈。董卓嫌自己兵力单薄，担心不能使远近慑服。于是，每隔四五天，就派军队夜里悄悄出发到军营附近处，第二天早上，再严整军容，大张旗鼓地返回，让人以为西方凉州又派来了援军，而洛阳城中没有人知道他的底细。有了“强大”的军事后盾，董卓便有了底气，于是他迫使朝廷以下雨不停止为理由，让皇帝颁策罢免司空刘弘（字子高，南阳安众人）的职务，由自己接任。
何进、何苗被诛杀后，其部下无所从属，皆归董卓。洛阳城内势力成为一片散沙，率领西凉雄骑而来的董卓一家独大，但是手下西凉兵只有步、骑兵三千人。刚刚归附的洛阳军队毕竟不是董卓的嫡系，由于地缘政治的影响，董卓并不相信他们，于是想拉拢丁原。丁原认为董卓野心太大，不会为汉室谋福祉，不愿跟董卓合作，于是董卓便有了除掉丁原这个眼中钉的念头。
与何苗一同被杀的有长史乐隐，牵招（字子经，安平观津人）十余岁时为同县乐隐的学生。乐隐被害后，牵招与乐隐门生史路等人，冒着危险收敛乐隐尸体，载其还乡。道遇山贼，史路等皆四散逃走，牵招垂泪恳求，山贼觉得他是个有义之人，放他离去，由此牵招声名鹊起。
董卓声势日益浩大，骑都尉鲍信到泰山郡募兵，恰到这时归来，对朝廷现状感到深深的担忧，于是他劝说袁绍：“董卓统率强兵，将有不轨的打算。现在不早作打算，必然会被他控制。应该乘他刚到，兵马都很疲惫，发动袭击，可以生擒董卓！”袁绍畏惧董卓，不敢发动进攻。鲍信长叹：竖子不足与谋！无奈下率领部队返回泰山郡。又征召了士兵两万人，骑兵七百人，运载粮草物资的车辆五千多辆，准备随时支援洛阳。
董卓的野心越来越大，为了废掉少帝，彰显自己的权利，他迫不及待的想要除掉执金吾丁原。此时，董卓手下虎贲中郎将李肃进言：“丁原威猛刚烈，帐下猛将极多，但是其威并不足以降服部众。我有一个老乡，叫作吕布，在我们五原当地声明卓著，然而在丁原帐下只是一个区区主簿，想必会心生不满，现在您何不以假借汉室的名义让吕布秘密诛杀丁原？”董卓以为此计可行，于是上书丁原欲反，胁迫少帝拟写密诏杀之。
时人地缘观念极重，李肃连夜携带密诏赶赴丁原营中，以老乡的身份找到吕布，拿出密诏，诱使吕布杀死丁原。然后又以密诏令吕布掌管并州兵马，归属凉州董卓。张辽、张杨、高顺等将领信服，从此董卓兵力大增。
董卓又想利用袁绍来支持他，可是遭到袁绍的极力反对。董卓对袁绍说：“天下的君主，应该由贤明的人来担任。每当想起灵帝，就使人愤恨。‘董侯’看似不错，现在我打算改立他为皇帝，不知他是否能胜过‘史侯’？有的人小事聪明，大事糊涂，谁知道他又会怎样？如果他也不行，刘氏就不值得再留种了！”
袁绍说：“汉朝统治天下约四百年，恩德深厚，万民拥戴。如今皇上年龄尚幼，没有什么过失传布天下。您想废嫡立庶，恐怕众人不会赞同您的提议！”董卓手按剑柄，呵叱袁绍说：“小子，你胆敢这样放肆！天下大事，难道不由我决定！我要想这样做，谁敢不服从？你以为董卓的刀不锋利吗！”袁绍勃然大怒，说：“天下的英雄豪杰，难道只有你董公一个人！”袁绍把佩刀横过来，向众人作了一个揖，径直而出。董卓因新到洛阳，见袁绍是累代高官的大家，所以没敢害他。袁绍把司隶校尉的符节悬挂在上东门，离开洛阳逃奔汝南老家避难。
接着，为了进一步独揽中央政权，董卓决定召集文武百官商议废除少帝，另立新皇帝。董卓一开始还忌惮洛阳内的名儒豪门，现在袁绍为保命逃离洛阳，董卓眼中就更没有什么阻碍了，于是董卓召集文武百官，蛮横地说：“皇帝没有能力，不可以奉承宗庙，做统治天下的君主。如今，我想依照伊尹、霍光的前例，改立陈留王为皇帝，你们觉得怎样？”公卿及以下官员都十分惶恐，没有人敢回答。董卓又高声说：“从前霍光定下废立的大计后，田延年手握剑柄，准备诛杀反对的人。现在有谁胆敢反对这项计划，都以军法从事！”在座的人无不震骇。只有尚书卢植说：“从前太甲继位后昏庸不明，昌邑王有千余条罪状，所以有废立之事发生。现在的皇帝年龄尚幼，行为没有过失，不能与前例相比。”董卓大怒，离座而去。他准备杀卢植，蔡邕为卢植求情，议郎彭伯也劝阻董卓，说：“卢尚书是全国有名的大儒，受人尊敬。现在先杀了他，将使全国都陷入恐怖之中。”董卓这才停止动手，只是免去卢植的官职。于是，卢植逃到上谷郡隐居起来。
太傅袁隗早知道这次晨会没什么好事，是故早称病不朝，董卓便派人把废立皇帝的计划送给袁隗看。袁隗不敢违拗，只好回报同意。从此，朝堂之上再无反对董卓的声音。董卓又在崇德前殿召集百官，威胁何太后下诏废黜少帝刘辩，诏书说：“皇帝为先帝守丧期间，没有尽到作儿子的孝心，而且仪表缺乏君王应有的威严。如今，废他为弘农王，立陈留王为皇帝。”袁隗把少帝刘辩身上佩带的玺绶解下来，进奉给陈留王刘协。然后扶弘农王刘辩下殿，向坐在北面的刘协称臣。何太后哽咽流涕，群臣都心中悲伤，但没有一个人敢说话。
废立皇帝之后，董卓又对何太后看不顺眼，认为她有碍自己在朝廷上下自由行动和树立威信。于是，董卓又大会群臣，向大臣们数落太后所谓的罪行，说她如何如何逼迫婆母永乐皇太后（灵帝刘宏的母亲），以致皇太后忧虑而死。这种违背婆媳常理、不讲孝顺礼节的教法，应当受到严厉惩处。之后，董卓便责令何太后迁居永安宫。不久，董卓又派郎中令李儒进献毒酒给弘农王，弘农王被毒死后，何太后也被毒死。
通过对中央政权最高阶层人员的更换和处理，整个东汉政府几乎完全受制于董卓：皇帝的废立、朝臣的任免、重大政策的制定，都由董卓说了算。此时，野心极度膨胀的董卓，已经目空一切。
改立献帝之后，董卓将自己升迁为太尉，成为三公之一，掌管全**事和前将军事务，后又自封郡侯，拜国相，跃居三公之首，掌宰相权。董卓虽然名为“一人之下，万人之上”的国相，但实际上却远远超越皇帝，享有“赞拜不名、入朝不趋、剑履上殿”等特权。
一人得道，鸡犬升天。自己加官进爵后，董卓恨不得把家里养的狗都弄个官当当。他利用自己手中的特权，大肆加封董氏家族成员。他首先封自己的母亲为池阳君，越礼配备家令和家臣，地位与皇家公主相当。同时，董卓又拜弟弟董旻为左将军，封雩侯，另外还封自己年幼的孙女为谓阳君。更有甚者，“卓侍妾怀抱中子，皆封侯，弄以金紫”。
为了更有效地控制皇帝，董卓不顾朝臣反对，胁迫献帝将都城从洛阳西迁至长安。董卓还无视礼制和皇威，在自己的封地修筑了与长安城墙规模相当的坞堡，高厚达七丈，明目张胆地用“万岁坞”来命名，并规定，任何官员经过他的封地时，都必须下马，恭恭敬敬地对他行大礼。
初到洛阳时，董卓手下虽然也集结了一批心腹亲信，但是，要在庞大的中央官僚体系中纵横捭阖，单靠这些人是远远不够的。况且当时朝中许多有一定势力和影响的官僚，根本就不服董卓。
对此，李儒建议董卓用拉拢、yòu huò、排挤等手段打击一切于己不利的势力和集团。于是董卓任命朝中公卿及以下官员的子弟为郎官，以填补原来由宦官担任的职务，在宫殿侍侯皇帝。董卓极力拉拢司徒黄琬，司空杨彪，又率领三公等大臣上书，请求重新审理陈蕃、窦武以及党人的案件，一律恢复爵位，派使者去祭悼他们的坟墓，并擢用他们的子孙为官。
